После смерти родителей и бабушки юноша по имени Икаруга остаётся совершенно один. В наследство ему достаётся лишь старый корабль и подводная лодка, что не приносит ему радости – теперь ему предстоит заботиться о себе самому в этом жестоком мире. Всё меняется, когда он встречает девушку, которая, как и он, ищет наследство своей покойной бабушки. В её распоряжении лишь загадочная карта с координатами, указывающими на возможное местонахождение сокровища. Вместе они отправляются в опасное путешествие, надеясь обрести то, что изменит их жизнь.

Однако вместо ожидаемых богатств они находят древний гроб, пролежавший в глубинах сотни лет. Несмотря на странность находки, любопытство берёт верх, и они решают вскрыть его. Внутри оказывается девушка-андроид по имени Атри, которая выглядит как живая, но не помнит ничего о своём прошлом. Икаруга и его спутница понимают, что перед ними не просто машина, а загадочное существо с тайной. Теперь им предстоит помочь Атри восстановить память, раскрывая секреты, которые могут изменить их представление о мире.

Так начинается их невероятное приключение, полное опасностей, неожиданных открытий и тёплых моментов. Вместе они отправляются в путешествие, где каждый шаг приближает их к разгадке тайны Атри. Постепенно между героями зарождается крепкая дружба, а возможно, и нечто большее. Но смогут ли они справиться с испытаниями, которые приготовила для них судьба? И что их ждёт в конце этого пути – счастье или новые испытания?