В центре сюжета - масштабный межгалактический конфликт, где человечество столкнулось с инопланетной угрозой. Когда пришельцы атаковали Землю, людям пришлось в срочном порядке осваивать космические технологии и строить флот. В поисках нового дома земляне отправились бороздить просторы Вселенной, но война лишь набирала обороты. В этих жестоких сражениях раскрылся истинный потенциал отдельных личностей - именно от их мужества и способностей зависел исход битв. Интересно, что чем масштабнее становились разрушения, тем быстрее развивались технологии, создавая парадоксальную зависимость между катастрофой и прогрессом.

События разворачиваются спустя восемь лет после истории с Макроссом Фронтиром. Главные герои - элитная команда пилотов "Валькирия", состоящая из отважных девушек под руководством харизматичной Микумо. Им помогает подразделение "Дельта", но всё меняется с появлением загадочного парня по имени Хаятэ. Этот странник, не имеющий постоянного дома, путешествует по космосу в поисках приключений. Его случайная встреча с "Валькирией" переворачивает жизнь всей команды, ведь теперь им предстоит объединить силы против общего врага - таинственного существа, пожирающего целые звёздные системы.

Вместе героям предстоит не только сражаться с космической угрозой, но и раскрывать секреты прошлого, находить неожиданные союзники и проверять на прочность свою дружбу. Хаятэ, привыкший к одиночеству, учится доверять новым товарищам, а девушки из "Валькирии" открывают в себе скрытые резервы. Их ждут опасные миссии, невероятные космические битвы и борьба за выживание всей цивилизации. Сможет ли это необычное объединение пилотов остановить апокалиптическую угрозу или галактике суждено исчезнуть в пасти неведомого чудовища?